O nome PARAYBUNA é de origem indígena, formado por PARA (água), HYB (rio) e UNA (preta). Logo, a palavra PARAIBUNA significa "Rio de Água Escura". Em meados do século XVII alguns homens provenientes de Taubaté e São Paulo desceram o Rio Paraitinga, detendo-se no local onde este rio encontra o Rio Paraibuna; embrenharam-se na mata parando numa clareira, 2 Km adiante. No local, fixaram-se, construindo uma cabana e, em homenagem ao Santo do dia, fizeram uma capela. Era o dia 13 de Junho, dia de SANTO ANTÔNIO.

Francisco Campos cita em seu Almanaque de 1909 a data de 13 de Junho de 1666, mas Netto Caldeira, no livro História de Paraibuna, de 1932, afirma que os fatos podem ter ocorrido por volta de 1700.
Não existindo documentos conhecidos que esclareçam esta dúvida, foi considerado então a data de 13 de Junho de 1666.

Em pouco tempo, surgiu junto à capela algumas cabanas, pequenas roças e as pessoas foram chegando, dando início a uma povoação já denominada Santo Antônio da Barra de Paraibuna. Assim ficou por dezenas de anos, com poucas pessoas e sendo um ponto de pouso para os passantes que iam e vinham do Litoral Norte, com destino a província de São Paulo.

Somente em 03 de Junho de 1773, o Capitão Geral de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza resolveu, através de uma ordem, determinar que Manoel Antônio de Carvalho fosse para o lugar e assumisse a administração e a direção da povoação. O mesmo documento determinou ainda que os "foros, vadios e vagabundos, sem domicílios certos e sem utilidade para a República fossem habitar as ditas terras de Paraibuna".

A notícia de que os vadios e vagabundos seriam obrigados a se dirigirem para a vila, causou alarme entre os moradores, que conseguiram, em 1775, a revogação da tal ordem com a conseqüente concessão da Carta de Sesmaria. Esta carta pode ser considerada o marco fundador da vila, pois tornava proprietários das terras onde se erguia a cidade de Paraibuna, os senhores: João Simões Tavares, Manuel Garcia Rosa, Manuel Motta e José Pereira. Os quatro sócios receberam "uma légua de terras em quadra" com o direito de fazerem delas o que bem entendessem, respeitando a Lei Foral da Sesmaria.

Mas somente em 1812, no dia 07 de Dezembro, o Príncipe Regente criou por alvará a freguesia de Santo Antônio de Paraibuna, com a construção de uma capela e nomeação de um pároco. A primeira missa foi então celebrada em 13 de Junho de 1815, pelo vigário Padre Modesto Antônio Coelho Neto. Em 10 de Julho de 1832 a freguesia passa à condição de Vila, e, em 1833 é realizada a primeira eleição para a Câmara Municipal.

Devido a fatos políticos, em que pessoas de Paraibuna apoiaram a revolução de 1842, exigindo a república, somente em 30 de Abril de 1857, através da Lei nº 595, o governador elevou Paraibuna a categoria de cidade. Em 30 de Março de 1858, através da Lei nº 16, foi elevada a Comarca.

O Aniversário de Paraibunal é comemorado em 13 de JUNHO.